疱疹性咽炎主要由肠道病毒感染引起，最常见的是柯萨奇病毒A型，其次为埃可病毒等。病毒可通过呼吸道飞沫、被污染的手、玩具或食物，经消化道或呼吸道侵入人体，学龄前儿童等免疫力相对低下人群为高发群体，密切接触患病者易被传染，卫生习惯不佳、居住环境拥挤等也会增加发病风险。
疱疹性咽炎的核心原因主要是病毒感染，以肠道病毒中的柯萨奇病毒A组为最常见病原体，其次可由埃可病毒、肠道病毒71型等引发，病毒主要经呼吸道飞沫、密切接触污染物品、粪口途径传播，夏秋季高发，儿童为主要易感人群。
其核心原因可分为3条：
1.原发性病毒感染占比约90%以上，疱疹性咽炎本质为病毒性黏膜炎症，最主要病原体是柯萨奇病毒A组，占所有病例的70%以上，埃可病毒、肠道病毒71型等也是常见致病原，病毒侵袭咽部黏膜后引发细胞坏死、疱疹形成及炎症反应。
2.传播途径的暴露感染，病毒可通过带毒者的呼吸道飞沫、污染的玩具、餐具等密切接触，或经粪口途径侵入人体，当人体接触到这些病原体且抵抗力不足时就会发病。
3.个体免疫力与易感属性，3-10岁儿童因免疫系统未发育成熟，对肠道病毒抵抗力较弱，是疱疹性咽炎的主要发病人群；成人多因劳累、免疫力临时下降感染，病情相对较轻。
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