直肠阴道瘘的常见病因包括：产伤最主要病因，多因分娩时会阴撕裂、会阴侧切不当损伤直肠阴道间隔；医源性损伤盆腔或会阴部手术如直肠、阴道手术操作不当波及直肠阴道隔；感染盆腔脓肿、直肠阴道间隙的炎症侵蚀破坏组织；肿瘤直肠或阴道恶性肿瘤侵犯间隔形成瘘管；会阴部直接外伤；先天性因素婴幼儿可出现先天性直肠阴道瘘。
引起直肠阴道瘘的主要原因可分为先天性与后天性两大类，后天性因素占比超90%，是临床最常见诱因，多与产科损伤、盆腔手术误伤、感染、医源性或外伤性破坏相关；先天性因素则因胚胎发育异常，直肠与阴道间隔膜发育不全形成缺损或通道，常伴随其他先天畸形。
其核心原因可分为2条
1.后天性因素占比约90%以上
后天性因素是本病最主要诱因，其中产科创伤为首位原因，多因分娩时胎头长时间压迫直肠阴道隔，或会阴侧切、撕裂修补操作不当，导致局部组织坏死脱落形成瘘道；此外，盆腔手术如直肠切除术、妇科肿瘤手术误伤直肠与阴道间组织、肛周脓肿或阴道炎症蔓延腐蚀组织、盆腔放疗导致局部组织坏死等，也会引发本病。
2.先天性因素占比约10%左右
先天性直肠阴道瘘源于胚胎期发育异常，在胚胎分化阶段，直肠与阴道间的隔膜未完全融合贯通，残留异常通道，常合并肛门闭锁、泄殖腔畸形等其他先天性发育缺陷，多见于婴幼儿群体。
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