结膜天疱疹的主要病因是自身免疫功能紊乱，机体产生针对结膜上皮细胞间连接蛋白的自身抗体如抗桥粒芯糖蛋白抗体，破坏上皮细胞间的黏附结构，进而形成水疱。遗传易感性可能为发病提供易感背景，部分患者发病前可能存在感染、药物刺激、精神压力等诱发因素，但该病的确切发病机制尚未完全阐明。
结膜天疱疹是天疱疮累及眼结膜的疾病，核心原因主要为自身免疫功能紊乱，少数由药物诱发，具体核心原因按类型划分如下。
其核心原因可分为2条，1.自身免疫功能紊乱约90%，机体免疫系统错误产生针对结膜上皮细胞间桥粒芯糖蛋白的自身抗体，破坏上皮细胞间的连接结构，导致结膜上皮细胞松解形成水疱，是该病最主要的致病因素，这类患者多为特发性天疱疮累及眼部。2.药物诱导的免疫异常约7%，部分含巯基类药物如卡托普利、青霉素、利福平等，可作为半抗原触发机体产生自身抗体，进而累及结膜组织引发水疱，这类病例有明确服药史，停药后症状常可缓解。
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