短肠综合征的具体病因是小肠被广泛切除引发，常见病因包括克罗恩病反复发作需行大范围小肠切除、肠系膜血管栓塞或血栓形成致小肠坏死需切除、小肠扭转或腹部外伤造成小肠坏死切除、小肠恶性肿瘤根治性切除，以及先天性小肠发育不良导致的小肠过短等情况。
短肠综合症是因小肠广泛吸收表面积减少引发的营养吸收障碍综合征，其核心原因可分为3类，主要源于小肠结构或功能的严重受损。
其核心原因可分为3条
1.广泛小肠切除术约70%
这是最主要病因，常由克罗恩病反复发作致肠坏死、肠扭转、肠系膜血管栓塞等急症，需外科切除大部分小肠剩余有效吸收肠管不足100cm，使肠道吸收表面积大幅缩减，无法满足人体营养需求。
2.先天性小肠发育缺陷约20%
胎儿期小肠发育异常，如先天性小肠闭锁、小肠节段缺失、小肠旋转不良等，出生时小肠长度远低于正常足月新生儿正常约250-300cm，先天吸收功能不足，引发短肠综合症。
3.严重小肠广泛病变约10%
如放射性小肠炎、难治性乳糜泻、重度肠结核等疾病，导致小肠黏膜广泛受损、吸收功能不可逆下降，无法维持正常营养代谢，亦可诱发短肠综合症。
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