寒性脓肿的主要病因是结核分枝杆菌感染，多继发于脊柱、骨关节、淋巴结等部位的结核病灶，病菌可通过血液循环或淋巴循环播散至局部组织，破坏正常组织结构，引发干酪样坏死、脓液积聚，因无急性化脓性炎症的典型红、肿、热、痛表现，故得名，少数情况下也可由放线菌等其他特殊病原体感染导致。
寒性脓肿是无急性炎症征象的脓肿，核心病因为特殊病原体感染，90%以上由结核分枝杆菌引发，少数由非结核分枝杆菌、放线菌等特殊病原菌所致，病原菌侵入后破坏局部组织、沿间隙蔓延，形成无典型红肿热痛的脓肿。
其核心原因可分为2条：
1.结核分枝杆菌感染占比90%以上：结核分枝杆菌经呼吸道、消化道等途径侵入，随血流或淋巴液到达骨与关节、淋巴结等部位，引发慢性特异性炎症，破坏局部组织形成局限性脓肿；因炎症反应温和，无红、肿、热、痛等急性脓肿表现，故命名为寒性脓肿。
2.其他特殊病原菌感染占比不足10%：非结核分枝杆菌、放线菌等少见病原菌侵入人体后，在局部抵抗力较低的部位繁殖，引发慢性感染性脓肿，这类脓肿炎症反应弱，无急性炎症特征，属于寒性脓肿的少见类型。
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