自然流产的诊断依据主要有：有明确停经史，出现阴道流血、下腹坠痛等典型临床表现；妇科检查可见宫颈口扩张、或有胚胎组织堵塞宫颈口，子宫大小与停经周数不相符；辅助检查提示血HCG水平下降，超声检查显示宫内无存活胚胎、或宫腔内有异常残留组织，同时排除异位妊娠等可引起阴道流血的其他疾病。
自然流产诊断流程包括
1.病史采集
详细询问患者的停经史、阴道流血的量、颜色、持续时间，下腹痛的性质、部位及程度，有无早孕反应，既往有无自然流产史、异位妊娠史，有无合并甲状腺疾病、糖尿病、生殖道感染等病史，近期有无外伤、性生活、药物服用史等，为诊断提供基础依据。
2.体格检查
测量生命体征，判断有无休克征象；进行妇科检查，观察宫颈口是否扩张、有无妊娠组织堵塞，子宫大小是否与停经孕周相符，双侧附件区有无包块或压痛，明确阴道流血来源及子宫、附件的基本状态。
3.辅助检查
包括超声检查，经腹部或经阴道超声明确宫腔内是否存在妊娠囊、胚芽及原始心管搏动，判断妊娠部位、胚胎发育情况，是否存在宫腔残留；实验室检查，动态检测血人绒毛膜促性腺激素hCG及孕酮水平，评估胚胎活性，血常规检查判断有无贫血、感染，凝血功能检查排除凝血异常；若有妊娠组织排出，将排出物送病理检查，明确是否为妊娠相关组织，辅助判断流产类型及原因。
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