肺真菌感染的治疗需个体化，首先加强一般治疗：卧床休息，补充足够蛋白质、维生素等营养，必要时予氧疗，积极控制基础疾病如糖尿病患者严格控血糖、免疫抑制患者调整免疫抑制剂用量。药物治疗为核心，需根据感染真菌种类选药：念珠菌感染常用氟康唑，曲霉感染选伏立康唑，隐球菌感染可予两性霉素B联合氟胞嘧啶，疗程需足够侵袭性感染通常2~6周以上，用药期间监测肝肾功能等不良反应。
肺真菌感染的治疗周期是一个长期治疗周期，核心目标是彻底清除肺部真菌病灶，预防真菌播散至其他脏器，降低复发风险，尤其针对免疫功能低下的高危人群如器官移植受者、长期使用糖皮质激素或免疫抑制剂者、血液系统疾病患者等。典型的治疗周期如下：1.初始诱导期：针对侵袭性肺真菌感染，通常需10~14天的高强度静脉抗真菌治疗，常用药物如伏立康唑、两性霉素B脂质体，以快速控制急性感染症状、缩小影像学病灶；2.巩固维持期：重症或高危人群需维持抗真菌治疗6~12周，部分慢性肺真菌感染患者疗程可延长至数月至1年以上，期间多换用口服抗真菌药物如伊曲康唑、泊沙康唑，需定期复查肺部CT、真菌学指标及肝肾功能，根据恢复情况调整疗程；3.轻症特例：免疫功能正常的轻症肺真菌感染患者，疗程可缩短至2~4周，但需严格遵医嘱完成治疗并随访，避免病灶残留引发慢性感染。
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