疱疹性口腔炎的主要病因是单纯疱疹病毒感染，多数由Ⅰ型单纯疱疹病毒HSV-1引起，少数为Ⅱ型单纯疱疹病毒HSV-2感染。病毒常通过直接接触患者的唾液、疱疹液，或间接接触被污染的餐具、玩具等物品传播，婴幼儿、老年人、长期免疫力低下如感冒后、过度劳累、慢性病患者的人群更易被感染发病。
疱疹性口腔炎的核心病因是病毒感染，90%以上由Ⅰ型单纯疱疹病毒HSV-1侵袭口腔黏膜所致，少数由Ⅱ型单纯疱疹病毒引发，多通过接触带毒者的分泌物、被污染的物品传播感染。
其核心原因可分为1条。1.Ⅰ型单纯疱疹病毒HSV-1感染占比约90%：是疱疹性口腔炎最主要的致病原因，该病毒可通过直接接触感染者的口腔疱疹液、唾液，或间接接触被污染的餐具、毛巾等物品侵入人体，在口腔黏膜上皮细胞内复制繁殖，引发炎症反应，造成口腔内出现成簇小水疱、溃疡及疼痛等典型症状。
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