先天性肠闭锁的病因主要涉及胚胎期肠道发育异常，具体包括：胎儿期肠道血液循环障碍，如肠扭转、肠套叠、肠系膜血管栓塞等导致肠管缺血坏死，后续肠管再通过程受阻；部分病例与遗传因素或基因突变相关；母亲孕期接触致畸物质，如某些药物、放射线、宫内感染等，也可能增加该病的发病风险。
先天性肠闭锁的核心致病因素源于胚胎发育阶段异常，主要涉及肠道空化不全、胎儿肠道血液循环障碍，少数与遗传或孕期致畸因素相关，最终导致肠管某段完全闭塞，是新生儿期严重消化道畸形之一。
其核心原因可分为3条
1.胚胎期肠道空化不全占比约80%：胚胎发育第5~12周，肠道原肠完成腔化形成连续管腔的过程出现障碍，未形成正常肠腔，是最主要发病原因，好发于十二指肠、空肠近端。
2.胎儿肠道血液循环受阻占比约15%：如胎儿发生肠扭转、肠套叠、胎粪性腹膜炎等病变，导致局部肠管缺血坏死，修复后形成闭锁，多见于回肠远端。
3.遗传及孕期致畸因素占比约5%：少数病例与相关基因突变、家族遗传易感性有关；孕期接触致畸药物、辐射等，也可能增加发病风险。
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