直肠周围脓肿的病因主要包括：肛腺感染是最常见因素，肛腺开口于肛窦，肛窦被粪块堵塞、损伤或感染后，炎症易蔓延至直肠周围疏松间隙；肛周皮肤感染、肛裂、血栓性外痔、内痔等肛周局部病变的感染也可直接扩散；肠道炎症性疾病如克罗恩病、溃疡性结肠炎可累及肛周组织引发脓肿；免疫力低下人群如糖尿病、艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂者、年老体弱者及直肠损伤、肛周手术后继发感染也为常见诱因。
直肠周围脓肿的主要核心原因可分为3条，以肛腺感染为首要因素，其次是肠道菌群失调，免疫力低下也可诱发该病，这些因素会导致直肠周围软组织或间隙发生急性化脓性感染并形成脓肿。
其核心原因可分为3条
1.肛腺感染占比80%~90%。肛腺位于肛管齿状线处，分泌液经肛窦排出，当粪便堵塞肛窦、局部受损伤或出现炎症时，病原体如大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等易入侵肛腺，感染沿导管蔓延至直肠周围间隙，引发脓肿，是最主要的发病原因。
2.肠道菌群失调占比约8%~15%。长期使用广谱抗生素、免疫抑制剂等药物，会破坏肠道正常菌群平衡，条件致病菌大量繁殖后突破肠道黏膜屏障，侵入直肠周围组织诱发感染，进而形成脓肿。
3.免疫力低下占比约2%~5%。患有糖尿病、艾滋病、恶性肿瘤等基础疾病，或长期过度劳累、营养不良，会使机体免疫力下降，无法有效抵御病原体侵袭，直肠周围组织易发生感染形成脓肿。
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