颌骨始基囊肿为牙源性颌骨囊肿，病因主要与牙发育异常相关：牙发育早中期，成釉器的星网状层发生变性、液化，形成囊腔雏形；同时，牙胚残留的上皮剩余受遗传因素、局部微环境改变等刺激，增殖分化为囊壁，进而发展为始基囊肿。
颌骨始基囊肿为牙源性发育性颌骨囊肿，其核心致病原因围绕牙发育过程中的组织异常，相关原因经医学临床与病理研究明确，具体核心原因如下。
其核心原因可分为“2”
1.牙成釉器中间层细胞异常增殖约占总病例的60%
在牙胚发育的蕾状期至帽状期，成釉器的星网状层细胞若未正常分化、退化，异常增殖并聚集，会持续分泌液体，逐渐形成囊性病变，这是临床最常见的致病因素。
2.牙发育始基上皮残留与分化异常约占总病例的40%
牙齿发育初始阶段的成牙上皮组织未随牙胚的生长迁移至口腔，残留于颌骨骨内，在局部微环境刺激如潜在炎症、咬合应力等下，异常分化增殖形成囊壁，进而发展为始基囊肿。
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