下颌骨囊肿的病因主要分为牙源性与非牙源性两类。牙源性病因占绝大多数，多源于牙发育残留的上皮组织如马拉瑟上皮剩余、牙板剩余，当牙体发生慢性炎症如深龋继发牙髓炎、根尖周炎时，会刺激这些上皮增殖、液化，进而形成囊肿；非牙源性病因多与胚胎发育时面突融合处残留的上皮组织相关，少数可由颌骨内损伤、异物长期刺激诱发。
下颌骨囊肿的核心原因可分为牙源性因素和非牙源性因素，牙源性因素为主要诱因，占绝大多数，非牙源性因素占比相对较低，两类因素共同导致颌骨内出现囊性病变。
其核心原因可分为2条
1.牙源性因素占比约85%-90%
这类原因与牙齿的发育及病变直接相关，是下颌骨囊肿最主要的致病因素。常见的如慢性根尖周炎未及时干预，炎症刺激颌骨内上皮剩余异常增殖形成根尖周囊肿；含牙囊肿、始基囊肿等则源于牙胚发育阶段的上皮组织异常增殖，进而形成囊性病变。
2.非牙源性因素占比约10%-15%
这类原因与牙齿发育无关，多因胚胎时期残留于颌骨内的上皮组织受慢性刺激等因素影响异常增殖所致，如鼻腭管囊肿、球状上颌囊肿等属于此类，虽占比不高，但也是下颌骨囊肿的重要致病原因之一。
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