先天性唇瘘的病因主要为胚胎发育时期的结构异常：唇部的上颌突与内侧鼻突融合过程中，上皮组织残留、中胚层发育不全，形成上皮性潜在管道。部分病例与遗传因素相关，存在家族聚集性，可能涉及调控胚胎发育的基因变异；极少数情况下，母体孕期接触致畸物质等外界因素，也可能干扰胚胎唇部发育，诱发本病。
先天性唇瘘是胚胎发育时期唇部组织分化与融合异常引发的先天性疾病，核心原因与胚胎早期唇部上皮残余未完全退化、遗传易感、孕期不良环境刺激相关，具体核心原因可分为3条。
其核心原因可分为3条
1.胚胎唇部上皮残余未退化占比约65%
胚胎第4-8周是面部融合的关键阶段，唇部上皮组织本应随融合完成而完全降解吸收，若局部上皮细胞残留，会形成持续存在的上皮条索，分泌物积聚后逐渐发展为先天性唇瘘，是该病最主要的发病机制。
2.遗传易感因素占比约20%
部分先天性唇瘘呈现家族发病倾向，与特定基因位点的突变或遗传易感性相关，可导致胚胎面部结构分化过程出现异常，提升发病概率。
3.孕期环境致畸影响占比约15%
孕期母体接触烟酒、致畸药物、放射性物质或感染病原体等有害因素，会干扰胚胎唇部组织的正常发育进程，阻碍上皮融合，进而诱发唇瘘形成。
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