宫颈腺囊肿的病因主要分为生理性和病理性两类。生理性原因是宫颈鳞-柱交界区外移过程中，新生鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或伸入腺管，导致腺管开口堵塞，腺体分泌物无法正常排出，潴留形成囊肿。病理性原因多与慢性宫颈炎、宫颈局部损伤如分娩、流产、宫腔操作等有关，炎症或损伤使宫颈腺管口狭窄、阻塞，进而形成囊肿。
宫颈腺囊肿的核心原因是宫颈腺体分泌物排出通路受阻，主要与宫颈生理性变化及慢性炎症刺激有关，属于良性病变，无明确恶变倾向，无需特殊处理除非合并其他宫颈疾病。
其核心原因可分为2条
1.宫颈生理性鳞状上皮化生占比约70%-85%：青春期后女性在雌激素作用下，宫颈鳞柱交界外移，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或伸入腺管，堵塞腺口，导致腺体分泌物潴留形成囊肿，这是最常见的生理性原因。
2.宫颈慢性炎症刺激占比约15%-30%：长期的宫颈慢性炎症如慢性宫颈炎可使宫颈腺管口狭窄、粘连阻塞，腺体分泌物引流受阻而潴留形成囊肿，炎症持续存在会加重腺管阻塞的程度。
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