双侧唇裂的病因是胚胎发育第4至10周时，两侧上颌突与球状突融合障碍，为遗传与环境因素共同作用所致。遗传上存在家族聚集性，多个基因变异可增加患病易感性；环境方面，孕早期妊娠前3个月母体感染风疹等病毒、服用抗癫痫等致畸药物、接触烟酒或电离辐射、缺乏叶酸及维生素等营养素，均可能干扰胚胎唇部发育，诱发双侧唇裂。
双侧唇裂是胚胎发育第4-8周时，上唇部两侧的球状突与上颌突融合障碍导致的先天性畸形，其核心原因可分为遗传因素与环境致畸因素两大类，具体如下。
其核心原因可分为2条
1.遗传因素占比约40%
该因素包括家族性遗传缺陷、多基因遗传易感性或染色体异常，可影响胚胎面部发育关键基因的表达，干扰面部突起融合的调控机制，是双侧唇裂发病的重要内因。
2.环境致畸因素占比约60%
胚胎形成唇部前3个月为高度敏感期，孕期接触致畸因子如病毒感染如风疹病毒、烟酒刺激、不当用药如激素类、抗癫痫类、放射线暴露、叶酸等营养素缺乏，会直接破坏胚胎正常发育进程，导致双侧面部突起融合失败，是常见外因。
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