北京清华长庚医院是由清华大学与北京市共建共管的大型综合性公立医院,建设过程中,两岸医护人员携手合作,医院临床科室设置齐全,共 46 个,包含内科部、外科部、妇儿部、急诊部、专科部。其中,内科部含心脏内科、呼吸与危重症医学科、消化内科、血液肿瘤内科、肾脏内科、神经内科、内分泌与新陈代谢科、感染性疾病科、风湿免疫科肿瘤科、变态反应科、麻醉科、康复医学科;外科部含普通外科、胃肠外科、肝胆外科、血管外科、神经外科、泌尿外科、胸外科、骨科、创伤外科、整形外科、心脏外科、小儿外科;妇儿部含妇产科、儿科;急诊部含急诊医学科、创伤医学科;专科部含眼科、耳鼻咽喉头颈外科、口腔科、皮肤科、中医科、麻醉科、病理科、检验科、放射科、超声科、输血科、核医学科、药剂科、营养科、物理诊疗科、心肺功能室、高压氧治疗科。