上海交通大学医学院附属瑞金医院北部院区设有以下科室：
消化内科
神经内科
肾脏内科
心血管内科
呼吸内科
内分泌科
血液科
风湿免疫科
普外科
骨科
神经外科
泌尿外科
胸外科
心脏外科
妇产科
儿科
眼科
耳鼻咽喉科
口腔科
皮肤科
中医科
康复医学科
麻醉科
急诊科
重症医学科
检验科
放射科
超声医学科
核医学科
病理科
药剂科
营养科
生殖医学中心
司法鉴定所
体检中心
