沈阳医学院附属第三医院设有心血管内科、呼吸内科、神经内科、消化内科、内分泌科、血液内科、肾内科、风湿免疫科、肿瘤科、儿科、新生儿科、综合内科、干部病房科、感染科、普外科、神经外科、泌尿外科、胸外科、心脏外科、血管外科、骨科、手足外科、整形美容科、妇科、产科、儿科妇科、生殖医学科、眼科、口腔科、耳鼻喉科、皮肤科、中医科、康复医学科、疼痛科、介入科、麻醉科、检验科、放射线科、电诊科、病理科、药剂科、碎石科等科室。
