南宫市妇幼保健院设有以下科室：
妇女保健科：包括青春期保健、婚前保健、孕前保健、围产期保健、更年期保健、老年期保健等。
儿童保健科：对 0-6 岁儿童进行系统的保健管理，包括健康检查、生长发育监测、营养评估与指导、心理行为评估与指导等。
妇产科：开展妇科炎症、月经不调、子宫肌瘤、卵巢囊肿、不孕症等疾病的诊断和治疗，以及各种计划生育手术。
儿科：诊治小儿肺炎、腹泻、贫血、佝偻病等常见病，以及新生儿窒息、早产、低体重等高危儿的管理。
乳腺科：采用中西医结合的方法治疗乳腺炎、乳腺增生、乳腺纤维瘤等乳腺疾病。
麻醉科：为妇产科、儿科等科室的手术提供麻醉服务。
药剂科：提供药品的调配、发放、咨询等服务。
检验科：进行各种常规检验、生化检验、免疫检验、微生物检验等。
B 超室：开展腹部 B 超、心脏 B 超、妇科 B 超、产科 B 超等检查。
心电图室：进行心电图检查，帮助诊断心脏疾病。
放射科：进行 X 线、CT、DR 等检查，为临床提供诊断依据。
