上海市瑞金康复医院设有以下科室：
康复医学科
内科
外科
中医科
疼痛科
营养科
老年康复科
儿童康复科
神经康复科
骨科康复科
心肺康复科
盆底康复科
心理康复科
烧伤康复科
重症康复科
姑息治疗科
康复工程科
检验科
医学影像科
药剂科
营养食堂
高压氧治疗中心等。
