北京积水潭医院新街口院区设有矫形骨科、小儿骨科、手外科、小儿骨科、创伤骨科、脊柱外科、运动医学科、骨肿瘤科、中医正骨科、风湿免疫科、同位素科、矫形支具科、康复医学科、临床营养科、特需医疗部、检验科、放射科、核医学科、超声科、麻醉科、手术室等科室。