温州医科大学附属眼视光医院设有8个临床科室（视光诊疗中心、屈光手术中心、白内障与人工晶状体屈光手术临床中心、眼底病中心、青光眼中心、眼鼻相关科、眼外伤科、小儿眼科与斜弱视专科）和7个医技科室（视光检查中心、特检科、检验科、病理科、药剂科、手术室、营养科）。
