全身毒血症状发热、头痛、恶心、呕吐、乏力。少数有出疹及心肌炎表现。神经系统症状轻症可无明显神经症状。重症可出现头痛、喷射呕吐、视物不清、肢体瘫痪、精神症状、抽搐、意识障碍等表现。其他症状如腮腺炎病毒脑炎伴有腮腺肿大；疱疹性病毒脑炎时皮肤有疱疹，柯萨基病毒和埃可病毒脑炎时可有皮疹、心肌炎、手足口病等，如病变累及脑膜（脑膜脑炎），出现脑膜刺激征阳性。