非淋菌性尿道炎是一种传染病，可能会传染给配偶。患非淋菌性尿道炎的男性可能发生附睾炎、莱特尔综合征（是一种发生于某些特定部位如肠道和泌尿生殖道感染之后而出现的关节炎）等并发症；女性可能会发生盆腔炎等并发症，严重时会导致不孕不育。母亲患病时产道内存在引起本病的致病菌，新生儿经母亲产道分娩时可能会被感染，引起新生儿结膜炎或肺炎。