非淋菌性尿道炎主要通过药物进行治疗。可能用到的药物有四环素、红霉素等药物。使用药物前，需要对病原体进行检查，确定病原体的种类，选择有效的药物。可以使用中药治疗，常见的药物有银花泌炎灵片等。新生儿发生结膜炎时，可能需要口服红霉素干糖浆粉剂，或外用红霉素或四环素眼膏等。药物治疗可以杀灭病原体，去除病因，缓解症状。当发现患有非淋菌性尿道炎时，夫妻或性伴侣双方需要一同进行检查和治疗。