确诊脊索瘤常需要做的检查为影像学检查、组织病理学检查等。X线检查通常可见患处膨胀，透亮，部分可见钙化斑。CT检查CT影像密度较低，可见骨质破坏，内有钙化，是重要的诊断依据。MRI检查除了肿瘤的常规MRI表现外，还会出现椎体骨质和椎间盘的破坏表现。病理组织学检查可对脊索瘤进行确诊。