房间隔缺损的治疗效果取决于病变的程度以及有无并发症。单纯的房间隔缺损患儿，手术死亡率低于1%，手术修补缺损后，患儿的症状可以明显减轻或消失，长期生存率和正常人无明显差异。已经成年的患者，特别是合并有心功能不全、心律失常或肺动脉高压的患者，手术死亡率相对较高，但是手术后也可以改善症状，提高生活质量，其长期存活率明显高于未进行手术治疗的患者。