目前认为，房间隔缺损是遗传和环境等因素相互作用的结果。以下因素可能影响到胎儿的发育，从而导致房间隔缺损。胎儿发育的环境因素怀孕前3个月感染病毒或细菌，比如风疹病毒、柯萨奇病毒等，胎儿发生房间隔缺损的概率比正常胎儿高。羊膜的病变、胎儿受压、母体营养不良等。孕妇患有糖尿病、苯丙酮尿症、高钙血症等疾病。孕妇接触了放射线等，也可能使胎儿发生先天性房间隔缺损。遗传因素房间隔缺损是一种先天性心脏病，具有家族遗传倾向。其他因素房间隔缺损的发生还与地域环境、性别等因素有关。