莱姆病的皮肤损害可留有瘢痕和色素沉着。心脏损害一般较轻，持续时间较短。约10%的患者单侧或双侧关节持续疼痛、肿胀，滑膜肥大持续1年以上。神经系统损害，数周或数月后多数恢复正常，少数可达几年，这期间可反复发作数次。