潜伏期3～32天，多数为7～9天。大部分患者在潜伏期末或慢性移行性红斑发生前后出现流感样症状、脑膜刺激征及肌肉关节酸痛、局限性或全身性淋巴结肿大。皮肤表现慢性移行性红斑：最为常见，好发于大腿、腋窝、腹股沟等部位。开始时是一个红色斑疹或丘疹；平均7～9天后，皮疹逐渐扩大形成一片大的圆形皮损，外缘有鲜红边界，中央呈退行性变，红环皮损内又形成几圈新的环状红圈，呈靶形。皮损早期中央有时呈致密性红斑、硬变、疱疹、坏死，常有灼热感，偶有疼痛、瘙痒。皮损逐日增大，直径平均16cm。一般经2～3周皮损自行消退，偶留有瘢痕与色素沉着。莱姆淋巴细胞瘤：由于B淋巴细胞受损而出现的较罕见的皮肤症状，由皮肤或皮下组织的密集淋巴细胞组成的直径1～5cm的单个蓝-红色肿块。慢性萎缩性肢端皮炎：是莱姆病晚期罕见的皮肤损害，原因不明。皮损为紫癜样皮疹，逐渐融合成片状损害，可有萎缩，呈瓷白色，好发于下肢末端。神经系统表现以脑脊髓膜炎、脑炎、脑神经炎及运动感觉神经炎最常见。舞蹈病、小脑共济失调、脊髓炎亦可发生。多数表现为神经系统广泛受累，少数为局限性神经系统受损，其中面神经瘫痪最多见，并以单侧受累为主。疼痛性神经根炎常表现为胸、腹部的带状剧烈疼痛，夜间发作，可移行至其他部位，严重者影响睡眠。莱姆病尚可引起慢性的神经病变，轻症患者有周期性四肢感觉异常，而体检无神经系统的异常发现。亦可引起慢性进展性的脑脊髓炎、痉挛性下肢瘫痪、横贯性脊髓炎、痴呆等。心脏表现以房室传导阻滞最为常见。少数患者有心房颤动、心包炎等表现。心脏损害一般较轻，心瓣膜无明显受损。关节表现通常从1个或少数几个关节（单侧、非对称性）开始，初呈游走性，可先后累及多个关节，以膝关节最多，次为肩、肘、踝、髋及颞下颌关节，偶见指、趾关节受累。受累膝关节多表现为肿胀与发热，很少发红，偶有少量积液。其余关节可以运动时疼痛为唯一症状。多数复发，复发者不一定在原关节，且受累关节数多于原发；复发关节症状持续时间较短。约10％患者单侧或双侧膝关节持续疼痛，行走困难，并有关节肿胀、滑膜肥大等慢性炎症表现。有时损害可侵蚀软骨和骨，甚至使关节致残。一部分患者在疾病的早期，除典型的关节症状外，还可有肌腱、腱鞘、肌肉或骨骼游走性疼痛，可持续数小时至数日。其他约10％患者早期有肝炎样症状与体征。少数病者有弥漫性腹痛，个别有腹泻、脾大、眶周水肿及睾丸肿痛等表现。部分患者有眼深部组织受累的表现，如虹膜炎，甚至全眼炎并导致视力丧失。