疟疾的病死率因感染的虫种不同而差异较大，间日疟、三日疟和卵形疟病死率很低，而恶性疟的病死率较高。婴幼儿感染、延误诊治和耐多种抗疟药虫株感染的病死率较高。脑型疟病死率极高，而且可出现偏瘫、失语、斜视、失明、小脑共济失调和精神异常等多种后遗症。