根据患者的病史及临床表现可初诊，并结合妇科检查及辅助检查以确诊。妇科检查在一侧或双侧附件处触及与子宫粘连的、活动度差的囊实性包块。B超B超是诊断巧克力囊肿的重要方法，可确定囊肿的位置、大小和形状，但缺乏特异性，无法确诊。血清CA125检测血清CA125水平可能升高，但无法作为诊断依据，一般动态监测以评估疗效和预测复发。腹腔镜检查腹腔镜检查是国际公认的诊断的最佳方法。腹腔镜检查见到卵巢囊肿，内容物为粘稠暗褐色陈旧性血液。