会厌囊肿无症状时一般可暂不治疗，当体积过大时可采用手术治疗。如果囊肿很小，没有引起任何不适症状，可以暂不治疗，只需定期观察，一般每3个月左右复查一次。如果囊肿较大，或反复发生急性会厌炎者首选手术治疗，目前常用的方法是在支撑喉镜下切除，可用激光、等离子刀将其切除。对于巨大的囊肿可将囊液抽吸出大部分，再用上述方法切除。