先天性巨结肠需做体格检查、影像学检查、实验室检查等。体格检查通过直肠测压，了解肛管有无正常松弛反射，有助于诊断本病。影像学检查通过影像学检查，可以确诊是否有肠梗阻现象。实验室检查取黏膜下及肌层病理检查以确定有无神经节细胞存在，有助于诊断本病。