结肠炎的预后取决于疾病分型、有无并发症和治疗方案。本病不容易彻底治愈，但部分患者预后良好。20岁以下或60岁以上的患者，病情较重，病死率达50%。病情轻的患者预后良好，缓解率为80%～90%，并且部分患者可以长期缓解。病情重的患者治疗缓解率约50%；暴发的患者病死率高，但治疗后往往也有好转可能。若并发急性结肠扩张，预后特别差，病死率高达25%左右。病程长、病变广泛的病例有并发结肠癌的可能。