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新疆军区总医院的特色和优势科室有：
全军临床药理基地
全军计划生育优生优育技术中心
军区机关认定的“名医名科”和重点学科
军区计划生育优生优育技术中心
军区计划生育技术指导中心
军区传染病诊治中心
军区临床检验中心
军区医学情报中心
军区计划生育优生优育技术中心
军区计划生育技术指导中心
军区传染病诊治中心
军区临床检验中心
军区医学情报中心
新疆四七四医院的特色和优势科室有：
眼科
心血管内科
普外科
妇产科
小儿科
皮肤科
口腔科
传染科
影像科
检验科
