扁桃体结石多因年龄、细菌感染、药物等因素导致。年龄成人扁桃体更大，扁桃体表面凸凹不平。随着扁桃体生长，这些“坑洼”会变得更大，使食物更容易残留形成结石。细菌感染食物残留容易导致细菌感染，在细菌的作用下，食物会慢慢腐烂、变硬，形成结石。药物因素高血压药物、镇痛药和抗抑郁药物等处方药，也可造成扁桃体结石。